নদীর মোহনা ও প্রজননক্ষেত্রের আশপাশে পানিদূষণ, নাব্যতা–সংকটে ডুবোচর সৃষ্টিসহ নানা কারণে ইলিশের স্বাভাবিক বিচরণকে ব্যাহত করছে।